Hernández Navarro se mantenía activo, trabajando en su gran pasión: la arquitectura. Fue un docente distinguido que formó innumerables generaciones de estudiantes y discípulos de su taller, destacó la Academia Nacional de Arquitectura, la cual lamentó su fallecimiento.
Estudió en la Escuela Nacional de Arquitectura de la Universidad Nacional Autónoma de México. Fue aficionado de recorrer pirámides y centros ceremoniales, lo cual plasmó en cada una de sus obras arquitectónicas y por lo que se distinguió.
En 2004 ganó el Premio Nacional de Ciencias y Artes, uno de los innumerables galardones que obtuvo durante toda su trayectoria.
Fue creador del Heroico Colegio Militar, el cual diseñó en colaboración con Manuel González Rul.
Agustín Hernández Navarro además diseñó la villa olímpica en 1986 para las olimpiadas, la Escuela de Ballet Folclórico de México, el Centro Corporativo Calakmul, el Monumento Magno del Ejército en Campo Marte, el edificio de Comunicaciones y Transportes, el Centro de Meditación en Cuernavaca, el Pabellón de México en la Feria de Osaka, Japón, entre otras obras.
“Soy un ratón de restirador, me gusta estar pensando, dibujando, corrigiendo, haciendo autocrítica y eso me motiva mucho. Mi vida social es de sábados y domingos, con mi mujer”, dijo en aquella entrevista en la que confesó que de no haber sido arquitecto sería escritor.